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生物情報統合データベース・解析サービスの拡充(生物資源研究所職員として)
WWW上で公開されている生物資源情報データベースおよび解析サービスのコンテンツ整備に従事しました。
具体的には次のような業務を担当:
* イネゲノムデータを対象としたシスエレメント解析サービスの提供
* GWAS解析サービスの提供
* 主要モデル生物のDNA/タンパク質配列を対象としたBLAST検索サービスの改良
* ポータルページの英語化
当該サービスはperlベースのCGIスクリプトの複合体として実装されており、これに上記の目的にそったCGIスクリプトを新規に作成して組み込む作業を担当しました。
また当初は日本語しかなかったメニュー・操作説明などを英訳したページを追加し、海外の研究者へも利用を広げる端緒としました。 -
統合データベース(主として植物ゲノム対象)の構築(理化学研究所研究員)
シロイヌナズナの表現型情報のデータベース開発に従事しました。表現型(フェノーム)情報はほとんどの場合各々の研究者が自分の言葉で記述しているため、同じ意味の情報が場所ごとに異なる形で表現されているのが常であり、研究コミュニティの中での情報の統合が極めて困難でした。こうしたデータを「オントロジー」を用いて標準化し、セマンティックウェブ技術によって統合データベース化し公開しました。
統合データベース、オントロジー構築